Les différents sites opérationnels d'AfriNIC ont été choisis à l'issue d'un appel public à candidatures lancé par le Conseil de gestion en janvier 2003. Sept pays ont répondu à cet appel, et lors de la réunion de Kampala en 2003, les candidats ont décidé, après concertation entre eux, de soumettre une proposition consensuelle au conseil d'administration recommandant la structure ci-après:
• Constitution juridique et administration générale: Maurice
• Centre des opérations techniques: Afrique du Sud
• Centre chargé des plans de secours et de sûreté: Egypte
• Coordination des formations: Ghana, en collaboration avec le Sénégal et l'Ouganda.
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